正常育龄妇女在内分泌激素的作用下阴道上皮细胞增生其表层细胞含有丰富的糖原非常有利于兼氧乳酸杆菌的生长这种细菌占阴道的90%以上这种乳酸杆菌大量存在就抑制了其他致病菌的生长在阴道形成了一个正常的生态平衡
当人体雌激素水平下降导致阴道上皮萎缩细胞糖原减少不利于乳酸杆菌生长大量使用抗生素或用碱性液体过度冲洗阴道抑制乳酸杆菌的生长性乱性交频繁（因精液pH为7.2-7.8）等导致致病性厌氧菌和加特纳菌大量繁殖引起阴道微生物生态平衡失调兼氧性乳酸杆菌减少最终导致细菌性阴道病
由于厌氧菌产生的脱羧酶可激发加特纳菌产生某种氨基酸产生挥发性胺类释放出难闻的鱼腥臭味胺类使pH值升高又抑制乳酸杆菌繁殖粘附有细菌的阴道表皮细胞脱落使阴道分泌物增加从而导致本病由于菌群紊乱阴道炎症并不明显分泌物中白细胞减少因此称细菌性阴道病比阴道炎更恰当