导致滴虫性阴道炎顽固难愈的原因可能是：患者未按用药规则坚持用药；夫妻双方未同时接受治疗；某些人灭滴灵的肠道吸收不良，或者因药物被阴道内的某些细菌破坏。
发生顽固难愈的滴虫性阴道炎后患者不要背上精神包袱，积极治疗仍是祛除疾病的最主要办法。此时治疗需要延长用药时间，可口服替硝唑每次2片，每日1次，饭后服用，首次剂量加倍，连用3～5天。阴道上药在月经间期都可以进行，经期停用，月经干净后重复上述治疗，共进行2～3个月。同时选用中草药熏洗坐浴，对治疗滴虫病也有很好的疗效。在药物治疗的同时，寻找引起滴虫病顽固难愈的原因。